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在将军德川家齐统治下的文政年间，老中水野忠成与水野忠邦在幕府内展开激烈的权力斗争。此时，携带名刀“无想正宗”的神秘浪人眠狂四郎（长谷川博己 饰）现身江户，并受忠邦的亲信之命，暗中刺杀刺客。被他斩杀的刺客颈上佩戴着象征基督信仰的念珠。随后，狂四郎将此物交还给刺客的妹妹静香，引发信徒与豪商备前屋的反击，双方为守护与暗杀而对立。另一方面，大目付松平主水正也奉忠成之命，派遣剑豪追杀狂四郎。权谋与信仰交织，一场错综复杂的生死之战即将展开。

　　故事讲述了一个简单又骄傲的牧场主，为了经济利益和儿子一起谋杀了妻子。而在埋葬其尸体时，他发现自己被老鼠恐吓，并确信妻子并没有放过他！

　　故事开始于明朝，凤三（元华 饰）心肠歹毒，无恶不作，身为锦衣卫，同时又是凤三的师弟，方守正（元彪 饰）发誓要将凤三绳之于法。然而，凤三此人诡计多端，甚至想要偷取能够扭转时空的黑玉佛，借此逃脱法网，几番争斗之后，两人双双跌落山崖。　　时光荏苒，转眼已是现代，考古队在雪地中挖掘出了凤三和方守正被冰封住的尸体，将两人运往美国研究，然而，途中一场意外却令两人死而复生。方守正于机缘巧合之下遇见了名为阿玉（张曼玉 饰）的不良少女，阴差阳错的成为了她的保镖，而凤三不改奸邪本性，加入了黑社会，继续为非作歹。当方守正得知凤三依旧作恶多端后，他决定继续自己未完成的使命。

 持续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝（加藤ローサ 配音）。紧张的战斗与快乐的游玩，却未察觉危险正悄悄逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库莱伊被当地所有人讨厌，但是它似乎想将某种危险、恐怖的信息及时传给小智一行，关于时空之塔的秘密即将揭开…… 本片为神奇宝贝系列第十部电影剧场版。